La elección de una solución para irrigar un conducto radicular no debe ser aleatoria sino la correspondencia entre las acciones particulares de una substancia y las condiciones del conducto radicular en particular y en el momento en que se aplica.

A pesar de que el yodo es menos citotóxico e irritante a los tejidos vitales que el hipoclorito de sodio y la clorhexidina, posee un riesgo mucho mayor de causar una reacción alérgica. Lo mismo sucede con los compuestos de amonio cuaternario. Las reacciones de sensibilidad al hipoclorito de sodio y clorhexidina son raras y se han reportado muy pocos casos de reacciones alérgicas al hipoclorito de sodio como irrigante endodóntico. (Zehnder, pág. 391)

La evidencia actual está fuertemente a favor del hipoclorito de sodio como el principal irrigante endodóntico. Sin embargo, el uso de clorhexidina puede también estar indicado bajo ciertas circunstancias. (Zehnder, pág. 391)